神仓位于太岁殿东，原为明代旗纛庙，清乾隆十八年（1753年）改建为神仓。明清时期，皇帝亲耕的耤田收获下来的粮食就储存在这里，用于京城皇家坛庙的祭祀。为了使这些粮食免遭虫害，防止发霉，在建筑上采取了一系列措施，如建筑上使用雄黄玉（三硫华砷）彩画，颜料有巨毒，可以驱虫，为了便于通风换气，防止谷物发霉，在仓房上都开有气窗。